进行全自主的飞行后，接下来会发生的情况就不在设计师的控制范围之内了，飞船将释放探测器并自动导航降落在太阳系之外的行星上，虽然这是激动人心的时刻，但是这一切都是在未知环境中进行，没人知道会发生什么。与飞船上其他系统一样，导航系统将需要工作长达100多年，不仅要能自动处理设备故障，同时也要抵御复杂不利的星际空间。而像代达罗斯计划中的导航设备，只能确保在15年内不出现故障，飞船则需要自动机器人和一堆的零部件进行更换，这也是伊卡洛斯飞船航行中需要解决的问题。其中一个可行的设想是：在路途上提前发射多个探测器，作为中继制导的导航站，这就是“星座导航”模式。
“星座导航”模式的最大优点是：如果整体式的导航系统出现故障，那整个飞船航行就失败了，而由许多导航探测器组成导航网不会受到全军覆没的危险，而探测器上的小发动机还可以为飞船减速提供动力。这种星座模式导航可能将使用干涉网平台进行联网。
另一个关于导航的问题就是如何与地球通讯。不仅飞船航行时需要有通讯设备，而且到达目标恒星进行探测后也要把数据传回地球。科学家准备了40米直径的天线进行通讯，而且还要保证天线要精确指向地球，这对飞船在另一个恒星系统中的定位又提出了更高的要求，这事也星际航行计划真正挑战之处。目前也有研究表明：利用激光进行星际通讯可以增加伊卡洛斯飞船的数据传输量。总之，对于梦想踏上宇宙航行时代的人类而言，解决空间导航和制导定位问题不仅是伊卡洛斯要完成的任务，而是大宇航时代必须逾越的技术难题。
