据说，当年七三一部队溃逃前，核心区域里还关着400多名被当作“试验材料”的活人，由于当时已经不能做试验了，侵华日军便在四方楼附近挖了几个大坑“处置”他们。有人说这些人被活埋了，也有人说他们被烧死了，但至今未发现他们的遗骨或遗物，侵华日军的相关罪证也没得到揭露。
七三一焚尸炉
七三一部队的马路大实验
一个代号为“马路大”的特别项目进行人体试验：受试验者从中国的住民中抓来，也被称为“圆木” (丸太）。此项作业的要点是：必须保证解剖对象是绝对清醒的状态，也就是说，绝对不能麻醉。因为日本军医认为麻醉后的研究数据是不真实的。其解剖场景惨绝人寰。解剖时，那凄厉的惨叫声是常人所无法想象的。此项工作也是731部队所有医师所必备的基础技能。
这个实验就是所谓的人体解剖实验，当时他们在当地抓了好多人来进行这个实验，并且对实验个体进行了毁尸灭迹，当时日军抓获过来的人有来自中国的、朝鲜的、俄罗斯的、内蒙的等人群。
七三一部队的其他恐怖实验
七三一部队最恐怖的地方就是所谓的细菌武器，因为对于细菌武器来说，所有人都应该知道这种武器的恐怖之处，并且在国际上，是禁止任何国家使用细菌武器的，这种武器其实是和核武器相似的，都是属于那种惨绝人寰的武器，除了上面说到的马路大实验以及细菌武器，七三一部队还做过很多恐怖的实验，下面为大家盘点一下。
手榴弹实验：这里所谓的手榴弹实验并不是研发新的手榴弹，而是将活体人放置在不同的位置来研究手榴弹对人体造成的伤害，因此其实验的对象并不是手榴弹，而是人体。
人体冻伤实验：用来测试人在不同温度下抗寒程度。试验资料为北支那防疫给水部专业人员与驻蒙军团联合进行的一次野外冻伤试验的资料，题目为《极秘•驻蒙军冬季卫生研究成绩》，资料编成者为冬季卫生研究班，形成年代为昭和十六年三月。
该资料是侵华日军细菌与毒气战研究所所长金成民，应日本横滨市立大学校长加藤佑三先生邀请，受平房区政府委派赴日讲学访问期间，多次单独或与日本友人一同赴东京神田等地的图书馆及资料馆查阅资料，在一资料室内，发现这部保存较好的资料。
火焰喷射器实验：这个实验室完全没有任何的意义，体现的就是日本人的本性，他们将马路大放置在废弃的装甲车内，然后用火焰喷射器来对装甲车进行燃烧，其实设想一下，在实际的战场上也不会有装甲车会静止让你进行燃烧，由此可见日本七三一部队的可怕之处。
鼠疫实验：将鼠疫杆菌注入试验者体内，观察其反应。这种方法也应用在了被日本军队在边境抓住的苏联战俘身上。开发落叶剂和细菌弹：其中最突出的“成果”是石井炸弹，美军后来在越南使用的菠萝弹也是该弹的改进型。石井炸弹为陶瓷外壳，内装携细菌的跳瘙。石井四郎还有一项发明是石井滤水器。以解决士兵在野外作战的污水处理为饮水的问题，算是731部队唯一有用处的发明了。
